气相色谱仪衬管是整个进样系统的中心部件，样品在其中汽化并进入色谱系统，衬管的选择主要取决于实际具体应用，另外衬管体积、活性和填充物也是需要重点考虑的因素。很多仪器厂商提供了填充柱进样、分流进样、不分流进样、通用分流/不分流进样、直接进样、聚集衬管等多种满足不同应用要求的衬管类型供选择，注意使用时严格区分与标识，避免使用不分流衬管进行不同分流比试验等问题。
衬管的体积和样品蒸发时的体积需要很好的匹配，如果衬管太小，将会发生反冲与样品损失，很可能影响准确度、重现性和灵敏度。厂商提供脱活的衬管是经过处理的，防止样品吸附并尽可能减少对热不稳定化合物的降解；未脱活的衬管不推荐用于极性和对热不稳定性的样品，或者用户自己在使用之前进行脱活处理。填充物的主要作用是增加衬管的表面积，这样将有助于汽化和不挥发性样品的保留，获得Zui佳性能，其中的填充物的质量要高并且经过脱活处理。
气相色谱仪的进样衬管应当定期清洗或更换，避免峰形变差、溶质歧视、重现性降低、样品分解和鬼峰现象，衬管更换的频率取决于样品的干净程度，如果色谱性能异常时（如峰形改变、峰歧视、重复性差、样品裂解等问题）需要更换。
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